奈良時代、吉備真備が遣唐使として当時の中国にあるとき、スサノオノミコトが自分を守るのを感じ、天平５年（733）日本に帰る際にこの地に祀ったのが始まりといわれています。また、大内氏の信仰が厚かった古社で、大内氏が寄贈したと伝えられる５面の能面や、捕鯨の様子を描いた捕鯨図が納めてあり、祇園様の名で親しまれていて、毎年７月には祇園祭りが行われます。童謡詩人・金子みすゞが、仙崎八景の１つとして詠った詩「祇園社」ゆかりの神社としても知られています。